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大豆抗胞囊线虫4号小种转录组测序及分析

文献类型： 中文期刊

作者： 吴书峰 1 ; 王志 2 ; 乔治军 2 ; 张瑞军 2 ; 张海平 2 ;

作者机构： 1.山西大学生物工程学院

2.山西省农业科学院农作物品种资源研究所

关键词： 大豆;大豆胞囊线虫(SCN);转录组测序;功能注释

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2016 年 24 卷 04 期

页码： 519-529

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大豆胞囊线虫(soybean cyst nematode,SCN)(Heterodera glycines)是一种世界性的大豆(Glycine max)病害。本研究以抗SCN 4号生理小种的黑豆为研究对象,对大豆胞囊线虫侵染后的两个发育时期进行转录组测序和生物信息学分析,宏观了解大豆的抗病机制。通过Illumina Hi SeqTM2500测序共获得1.96×1010bp的数据。经过分析后,接种后第9天(第一时期)和接种后第17天(第二时期)分别得到2 180个和4 210个差异表达基因,同时,对差异表达基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)注释,蛋白质直系同源簇(Clusters of Orthologous Groups of proteins,COG)注释,结果显示,GO注释和COG注释分别将差异表达基因分为了58和25个功能类别。另外,京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析结果表明,可将两个时期的差异表达基因分别定位到83和105个具体的代谢途径分支。其中,参与到激素信号转导途径,苯丙氨酸代谢,能量代谢等过程中的差异基因最多,这些数据为进一步筛选抗病关键基因及功能验证等研究提供了依据。

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