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基于454 GSFLX高通量测序的芒果微卫星标记特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王明 1 ; 应东山 1 ; 王琴飞 1 ; 李莉萍 1 ; 黄建锋 1 ; 张如莲 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所/农业部热带作物种子种苗质量监督检验测试中心

关键词： 芒果;454 GSFLX高通量测序;SSR标记;文库构建法;多态性

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2015 年 46 卷 10 期

页码： 1745-1749

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】研究芒果基因组SSR的总体特征,开发芒果SSR标记,为SSR标记在芒果种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。【方法】利用新一代454 GSFLX高通量测序技术结合SSR文库构建法,得到19611条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得8831条SSR。利用Primer 5.0软件设计SSR引物,并以筛选的引物对24份芒果种质进行多样性分析。【结果】在芒果SSR中,二核苷酸(5980个SSR)和三核苷酸(2451个SSR)占主导地位,所占比例分别为67.85%和27.81%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是AC/GT,占总数的17.94%,出现最高的三核苷酸重复基元为TTC/GAA,占5.07%。随机选择50个SSR位点合成引物,经24份芒果种质筛选鉴定,21对引物可扩增获得产物,有效扩增率为42.00%;其中17对引物表现出良好多态性,占有效引物的80.95%,占总引物的34.00%。在17对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数2~12个,产生的多态性片段为2~7个,多态性比例为50%~100%。【结论】454 GSFLX高通量测序开发SSR引物有较好的实用性,开发获得的17个具有多态性的芒果SSR标记可用于研究芒果及其相关近缘物种的遗传变异。

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