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大豆SNP分型方法的比较

文献类型： 中文期刊

作者： 赵勇 ; 刘晓冬 ; 赵洪锟 1 ; 袁翠平 ; 齐广勋 1 ; 王玉民; 董英山;

作者机构： 1.吉林省农业科学院作物资源研究所

关键词： SNP分型;Dt1;CAPS;KASP

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2017 年 15 卷 09 期

页码： 3540-3546

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究采用测序法、酶切扩增多态性序列法(CAPS)和竞争性等位基因特异性PCR(KASP)法对大豆Dt1基因的4个SNP进行分型,旨在从准确性、稳定性、耗时和成本4个角度,对上述3种分型方法进行比较。结果表明:3种SNP分型方法均可对大豆Dt1基因进行分型,但准确性存在差异,测序法的准确率最高(100%),其次为KASP法(94.3%),CAPS法较低(89.6%);从稳定性来看,测序法最稳定,KASP法次之,CAPS法最差;从耗时来看,KASP法最省时,其次是测序法,CAPS法最耗时;在成本上,相比其他两种方法,KASP法最经济。在具备相关仪器设备的条件下,KASP法是大豆快速、高效的SNP分型方法。

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