文献类型: 中文期刊
作者: 陈军 1 ; 苏胜彦 2 ; 张希昭 2 ; 纪垠竹 2 ; 王辉微 2 ; 朱丽雅 2 ; 张晏江 2 ; 薛浩鑫 2 ; 孙阿君 2 ; 华风雷 3 ;
作者机构: 1.中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室;江苏农林职业技术学院;南京农业大学无锡渔业学院
2.;中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室;江苏农林职业技术学院;南京农业大学无锡渔业学院
3.;中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室;江苏农林职业技术学院;南京农业大学无锡渔业学院;
关键词: 美洲大鲵;线粒体基因组;转录组测序;系统进化树
期刊名称: 扬州大学学报(农业与生命科学版)
ISSN: 1671-4652
年卷期: 2017 年 04 期
页码: 50-55
收录情况: 北大核心
摘要: 为利用高通量测序数据开展线粒体基因组研究,基于高通量第2代测序技术获得了美洲大鲵(Cryptobranchus alleganiensis)转录组数据,以近缘物种的线粒体全基因组为参考序列,利用MITObim软件对其组装,并进行环化、注释和分析,采用邻接法(NJ法)构建美洲大鲵线粒体基因组序列的系统进化树。结果表明:美洲大鲵线粒体全基因组序列长度为16 358 bp,包含13个蛋白编码基因(PCG)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区。同时利用该项技术对中国大鲵(Andrias davidianus)转录组数据也提取线粒体组数据,并构建大鲵属的系统进化树,结果表明中国大鲵与日本大鲵(Andrias japonicus)亲缘性较近,获取的美洲大鲵与参考的美洲大鲵(Gen Bank登录号GQ368662)聚为一类。这一研究提示中国大鲵和美洲大鲵起源不同,遗传距离大。
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