文献类型： 中文期刊
作者： 庹锐 1 ; 许巧情 1 ; 赵朝阳 2 ; 万晶 3 ; 袁汉文 4 ;
作者机构： 1.长江大学动物科学学院
2.中国水产科学研究院淡水渔业研究中心
3.农业部淡水鱼类遗传育种与养殖生物学重点开放实验室
4.华中农业大学水产学院
关键词： 干扰素调节因子(IRF)4;IRF8;IRF9;IRF10;保守;分化
期刊名称： 生物技术
ISSN： 1004-311X
年卷期： 2013 年 05 期
页码： 1-8
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 目的:为了阐明硬骨鱼类IRF4、IRF8、IRF9和IRF10在进化上的保守及分化。方法:从Ensembl和NCBI数据库下载基因的DNA和蛋白序列,绘制基因框架图,利用Mega 5.0构建系统进化树,采用DNAStar计算蛋白相似率,利用Pfam软件分析保守结构域。结果:IRF8和IRF10是相当保守的。各种硬骨鱼类中IRF8和IRF10基本一致。不同物种IRF8蛋白相似性最高(60%~87%),其次为IRF10(49~78%)。但IRF9和IRF4分化较大。硬骨鱼类有1~2个IRF9基因,1~3个IRF4基因。不同物种IRF4蛋白相似率为54~88%,IRF9更低(35~71%)。此外,在硬骨鱼类IRF9和IRF4蛋白上还发现有多种结构域。结论:硬骨鱼类IRF8和IRF10非常保守,不同物种均含有8个外显子和7个内含子,蛋白相似性分别达到60%~87%和49~78%。IRF4和IRF9分化更大,不同物种基因数量从1变化到3,蛋白相似率低。
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