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草菇α-淀粉酶基因的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杜慕云 1 ; 杨仁德 1 ; 李剑 1 ; 谢宝贵 2 ;

作者机构： 1.贵州省土壤肥料研究所

2.福建农林大学菌物研究中心

关键词： 草菇;α-淀粉酶基因;生物信息学

期刊名称： 食用菌学报

ISSN： 1005-9873

年卷期： 2014 年 03 期

页码： 6-12

收录情况： 北大核心

摘要： 基于草菇(Volvariella volvacea)基因组和转录组数据,通过生物信息学的方法对草菇α-淀粉酶基因进行基本理化性质、内含子和外显子结构、信号肽、亚细胞定位和功能位点的预测与分析,并构建系统发育树。结果表明:编码草菇α-淀粉酶的基因有5个,分别为GME2151、GME6695、GME9075、GME10698和GME10705;5个基因编码的蛋白相对分子量介于38.8~64.6kD之间,磷酸化以Ser位点为主,大都存在信号肽,亚细胞定位在细胞外,保守结构域和空间结构相似度较高。和其它的担子菌一样,草菇α-淀粉酶可以分为两类:GME9075和GME10698归为α-淀粉酶Ⅰ类,GME2151、GME6695和GME10705属于α-淀粉酶Ⅱ类。

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