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基于转录组分析挖掘罗氏沼虾新内参基因

文献类型： 中文期刊

作者： 任晋东 1 ; 陈红林 1 ; 牛宝龙 1 ; 许晓军 1 ; 楼宝 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院水生生物研究所

关键词： 罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii);内参基因;表达稳定性参数

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2025 年 37 卷 007 期

页码： 1424-1429

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 内参基因挖掘、鉴定是基因表达定量分析的基础.为挖掘罗氏沼虾各组织稳定表达的内参基因,利用转录组相对表达量数据,通过变异系数分析和基因表达稳定性参数(M值)等分析、鉴定罗氏沼虾新的内参基因.结果表明:有1 902个基因在罗氏沼虾腮腺、眼柄、心脏、肝胰腺、胃、大螯肌肉、腹部肌肉、精巢、促雄性腺、卵巢这10个组织内的相对表达量(FPKM值)达到5以上,基于各基因在不同组织间的平均变异系数,随机筛选获得10个平均变异系数均低于常用内参基因β-actin的候选基因.进一步的M值筛选发现,这10个候选基因在各组织的M值都低于β-actin,并以RNF10基因的M值最低.在10个候选基因中,选择M值最低的RNF10基因和M值仅次于β-actin的S/TPP2A基因进行定量聚合酶链反应(qPCR),结果表明,这二者在10个组织中的M值均低于β-actin基因,其中,RNF10在10个组织中展现出最优的表达稳定性.研究结果表明,利用转录组数据可以获得具有表达稳定性的内参基因,罗氏沼虾RNF10基因在不同组织内表达稳定,可用作罗氏沼虾基因表达定量分析的内参基因.

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