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基于简化基因组测序宽鳍鱲的微卫星分子标记及遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 覃宁 1 ; 张桂蓉 2 ; 马徐发 2 ; 魏开建 2 ;

作者机构： 1.贵州省水产研究所

2.华中农业大学水产学院

关键词： 宽鳍鱲;简化基因组测序;微卫星分子标记;微卫星位点;遗传多样性;等位基因

期刊名称： 贵州农业科学

ISSN： 1001-3601

年卷期： 2024 年 008 期

页码： 78-83

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】建立基于简化基因组测序（2b-RAD）宽鳍鱲（Zacco platypus）的微卫星分子标记，并进行遗传多样性分析，为有效开展宽鳍鱲品种间遗传多样性分析和分子育种，挖掘和利用宽鳍鱲种质资源提供参考。【方法】利用限制性内切酶EcoRⅠ打断基因组DNA，每个样本分别进行物理打碎，选取300～700 bp插入片段文库，利用Illumina HiSeq PE150测序平台进行双末端（Paired-End）测序获得海量遗传多态性标签序列。【结果】2b-RAD筛选宽鳍鱲的微卫星位点得到两端各留100 bp作为引物的SSR数量为41 018个，带有引物片段的SSR数量为1 522个，片段引物的设计率为37.1%，构建的文库质量较高，测序深度达高准确度下的分型标准。在筛选的64个微卫星位点中，有14个位点（21.88%）具有多态性，由于存在无效等位基因，有3个位点（Zpla08、Zpla09和Zpla10）显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05），因此选用其中的11个微卫星位点分析宽鳍鱲群体遗传多样性。基于11个微卫星DNA位点的分析表明，宽鳍鱲7个群体的平均等位基因数（NA）为3.66，平均Shannon;s信息指数（I）为0.689，平均观测杂合度（HO）为0.315，平均期望杂合度（HE）为0.354，平均多态信息含量（PIC）为0.409。【结论】基于简化基因组测序（2b-RAD）开发宽鳍鱲的微卫星分子标记可用于评估野生宽鳍鱲种群的遗传多样性、遗传结构和物种鉴定。宽鳍鱲基因组DNA 14个微卫星位点中有11个微卫星位点具有中高多态性，3个位点（Zpla08、Zpla09、Zpla10）偏离Hardy-Weinberg平衡，在群体遗传研究中应慎用。

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