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基于转录组测序数据的甘薯SSR标记开发及群体聚类分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨育峰 1 ; 史典义 2 ; 王雁楠 2 ; 杨国红 2 ; 徐心志 2 ; 翟红 2 ; 何绍贞 2 ; 刘庆昌 2 ; 苏文瑾 3 ;

作者机构： 1.河南省农业科学院粮食作物研究所;中国农业大学农业部甘薯生物学与生物技术重点实验室;湖北省农业科学院粮食作物研究所

2.;河南省农业科学院粮食作物研究所;中国农业大学农业部甘薯生物学与生物技术重点实验室;湖北省农业科学院粮食作物研究所

3.;河南省农业科学院粮食作物研究所;中国农业大学农业部甘薯生物学与生物技术重点实验室;湖北省农业科学院粮食作物研究所;

关键词： 甘薯;转录组;SSR标记;聚类分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2018 年 11 期

页码： 3569-3579

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用转录组数据开发SSR标记,是目前较为经济高效的DNA分子标记开发方法。为了开发更多适用于甘薯的SSR标记,本研究在前期对甘薯体细胞杂种KT1及其两个亲本4个干旱胁迫处理的24个样本转录组de novo测序的基础上,对获得的105 959条Unigene中大于等于1 000 bp的FASTA序列进行搜索,共找到12 105个SSR位点。从中筛选设计了200对SSR引物在KT1及其亲本中筛选验证,最终选择了20对多态性较好的引物,对来自不同地区的94份甘薯种质资源进行了群体聚类分析。聚类分析把94份实验材料分为3个亚群,较清晰地区分了不同材料之间的遗传相似性。这些基于甘薯转录组测序开发的SSR标记为甘薯的遗传多样性分析、辅助育种和遗传图谱构建等研究的开展提供了更加丰富的候选标记。

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