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人类1号染色体可变剪接与普通剪接基因同义密码子的使用分析 I.同义密码子偏爱使用分析(英文)

文献类型： 中文期刊

作者： 陈学平 1 ; 武耀廷 2 ; 郭家明 1 ; 张成 3 ; 马飞 4 ;

作者机构： 1.中国科学技术大学经济技术学院

2.中国热带农业科学院热带作物生物技术国家重点实验室

3.合肥市植保站

4.厦门大学生命科学学院

关键词： 可变剪接;普通剪接;密码子使用;人类

期刊名称： 安徽农业大学学报

ISSN： 1000-2197

年卷期： 2004 年 31 卷 01 期

页码： 3-7

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 人类1号染色体可变剪接(选择性剪接)基因344非冗余蛋白质编码序列(188183密码子)和普通剪接(非可变剪接)基因的386蛋白质编码序列(223116密码子)被用于研究人类密码子使用偏爱模式。全部密码子使用数据分析表明,人类可变剪接基因密码子的偏爱水平显著高于普通剪接基因。在人类1号染色体基因中,密码子第三位置的G+C含量有很大的异质性(0 24～0 95),并且可变剪接基因密码子第三位置平均G+C含量(64 66%)大于普通剪接基因(59 97%)。Nc值对GC3s图显示密码子偏爱使用除了受核苷酸组成制约外,其它的因子可能也影响密码子的使用变化。此外,可变剪接基因中以G或C结尾的密码子比普通剪接基因出现的频率高。密码子使用的差异可能是由可变剪接基因pre mRNA特有的结构特征和多种剪接模式决定的。

  • 相关文献

[1]人类1号染色体可变剪接与普通剪接基因同义密码子的使用分析I.同义密码子偏爱使用分析. 陈学平,武耀廷,郭家明,张成,马飞. 2004

[2]应用RNA-seq数据开展鸭基因组可变剪接的鉴定与分析. 徐铁山,顾丽红,侯水生,叶保国. 2016

[3]木薯SR45亚家族基因鉴定及表达. 李智博,董世满,李淑霞,彭明,曾长英. 2022

[4]人类1号染色体可变剪接与普通剪接基因同义密码子的使用分析 Ⅱ.基因表达水平和基因长度与密码子使用偏爱(英文). 陈学平,武耀廷,张成,郭家明,马飞. 2004

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