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应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究

文献类型： 中文期刊

作者： 刘庆明 1 ; 李猛 1 ; 马爱军 1 ; 王新安 1 ; 黄智慧 1 ; 郭建丽 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室

关键词： 单核苷酸多态性标记(SNP);大菱鲆;高分辨率熔解曲线分析;EST序列

期刊名称： 海洋与湖沼

ISSN： 0029-814X

年卷期： 2012 年 43 卷 06 期

页码： 123-130

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。

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