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甘薯近缘种Ipomoea cordatotriloba基因组大小测定及高通量调查测序

文献类型： 中文期刊

作者： 王珧 1 ; 邓逸桐 2 ; 戴习彬 2 ; 张安 2 ; 曹清河 2 ; 陈艳丽 1 ;

作者机构： 1.海南大学园艺学院

2.江苏徐淮地区徐州农业科学研究所

关键词： 甘薯;Ipomoea cordatotriloba;基因组大小;流式细胞法;K-mer计算

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2020 年 41 卷 006 期

页码： 1154-1159

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用流式细胞术,以大豆Williams 82为内参,对甘薯近缘野生种Ipomoea cordatotriloba进行基因组大小测定,结合染色体压片技术进行倍性鉴定,并利用二代高通量测序技术对测定结果进行验证.结果表明:利用流式细胞术测得I.cordatotriloba基因组大小为(539.69±13.76)Mb;染色体压片结果显示其染色体数目为30条,由于其基数x=15,从而获知I.cordatotriloba为二倍体;经K-mer计算并修正后得出的C值为560.70 Mb,与流式细胞分析结果相近;同时,测序结果显示其基因组杂合率为0.40%;重复序列比率为57.93%;GC含量为38.10%.以上结果为此物种全基因组精细图谱绘制打下基础,同时为甘薯近缘野生种的利用提供参考.

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