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咖啡叶锈病菌转录组SSR信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 吴伟怀 1 ; 邹海娟 2 ; 贺春萍 1 ; 梁艳琼 1 ; 习金根 1 ; 郑肖兰 1 ; 郑金龙 1 ; 李锐 1 ; 易克贤 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所

2.海南大学环境与植物保护学院

关键词： 咖啡叶锈病菌;转录组;SSR

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2014 年 35 卷 08 期

页码： 1592-1596

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 咖啡叶锈病是咖啡一种毁灭性病害。利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),对咖啡叶锈病菌8 310条无冗余的EST分别进行SSR鉴定。结果共搜查到1 292个1~6碱基SSR,出现频率最高的为三碱基重复基元类型,其次为二碱基重复基元类型与六碱基重复基元类型。分别为459、321与214个,其出现频率分别为35.5%、24.8%与16.6%。AT/AT为二核苷酸中优势重复类型,占其总数的49.8%;而ATC/ATG与AAG/CTT则为三核苷酸中优势重复类型,二者分别占三核苷酸SSR总数的23.5%与23.3%。进一步对SSR多态性进行了预测,从而筛选出长度在22 bp以上具有潜在多态性的SSR 223个。此结果对于咖啡叶锈病菌群体遗传变异、多样性和进化等研究提供了分子标记。

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