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香蕉根系转录组SSR位点信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王静毅 1 ; 刘菊华 1 ; 王卓 1 ; 金志强 1 ; 徐碧玉 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带生物技术研究所农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室

关键词： 香蕉;根系;转录组;SSR位点信息

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2019 年 028 期

页码： 38-43

收录情况： CSCD

摘要： 旨在为开发新的香蕉功能基因相关的且多态性良好的SSR标记提供依据.利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索,并设计SSR引物,分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息.从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene序列中,出现频率为18.53%,平均每7.77 kb含有1个SSR位点,共有58种重复基元.香蕉根系转录组中,二、三核苷酸重复基元所占比例最大,分别为40.50%和40.63%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,分别占该重复基元的88.03%和30.83%.SSR重复次数以5~9次为主,基序长度主要分布于12~20 bp,平均长度为18.80 bp.香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高,类型多样,在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能.

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