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海带转录组SSR序列特征及其相关基因功能分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李秋莹 1 ; 张杰 1 ; 姚建亭 1 ; 王秀良 1 ; 段德麟 1 ;

作者机构： 1.中国科学院海洋研究所

关键词： 微卫星;转录组;简单序列重复(SSR);海带(Saccharina japonica)

期刊名称： 海洋科学

ISSN： 1000-3096

年卷期： 2016 年 40 卷 11 期

页码： 1-6

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 对海带(Saccharina japonica)转录组测序数据进行分析,从70 497条Unigenes中共检测到9 237个简单序列重复(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。海带转录组中SSR的类型十分丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复SSR的数量最多,分别占SSR总数的40.9%和39.4%,其次为四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复,分别占SSR总数的9.8%,6.1%,3.1%和0.7%。SSR重复单元类型共有147种,其重复次数的范围为5~70次。功能注释发现约50%含有SSR的Unigenes获得了注释信息,并且大多数与已知蛋白有同源性。COG、GO功能分类结果均表明,大量含有SSR序列的基因与多种生物功能有关,其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多。本研究结果为深入开发功能性SSR标记奠定基础,也为开展海带分子标记辅助选育提供支持。

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