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基于COⅠ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析

文献类型： 中文期刊

作者： 叶朝阳 1 ; 李伟 2 ; 赵建 2 ; 陈海港 2 ; 朱新平 2 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室

2.中国水产科学研究院珠江水产研究所

关键词： 龟鳖目;COⅠ基因;物种鉴定;分类进化

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2019 年 009 期

页码： 3935-3945

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634 bp COⅠ基因序列片段进行研究分析.结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量(A+T)为55.42%,显著高于(G+C)的44.58%.通过Kimura's 2-parameter计算45个物种的种内遗传距离为0~0.023 98,平均为0.003 2;种间遗传距离为0.022 3~0.334 9,平均为0.1 637,种间平均遗传距离约为种内平均遗传距离的51.16倍;有3个物种的种内遗传距离大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0. 02,其中1个物种的种内遗传距离大于45个物种的种间最小遗传距离0.022 3.同科内不同属间及同目内不同科间的遗传距离分别为0.146 7、0.212 7,显示物种间遗传距离随着分类阶元的上升而逐步扩大.系统进化树聚类结果显示,不同个体依据亲缘关系程度不同分别聚为独立的一支,没有出现物种交叉分布,能准确反映个体间的亲缘关系.结果表明利用COⅠ基因鉴定龟鳖目物种具有可行性,但科内属间及以上分类阶元进化节点自展率不高,无法通过COⅠ基因明确其进化关系,须结合其他DNA指标加以确认.

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