文献类型： 中文期刊

作者： 王继华 ¹ ; 黎俊荣 ² ; 蔡时可 ¹ ; 邓沛飞 ² ; 钟春燕 ² ; 刘晓津 ¹ ;

作者机构： 1.广东省农业科学院作物研究所

2.肇庆市农业科学研究所

关键词： 肇实;转录组分析;基因注释;EST-SSR

期刊名称： 中药材

ISSN： 1001-4454

年卷期： 2019 年 11 期

页码： 2513-2518

收录情况： 北大核心

摘要： 目的:利用高通量测序技术分析肇实转录组信息。方法:采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对肇实植株的叶片和叶柄进行混合转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释和遗传标记开发。结果:通过测序和分析,共得到54 088 858个原始Reads,总长8 113 328 700 bp,经过滤、除杂后得到52 831 334个Clean Reads,总长7 285 427 215 bp。肇实转录组中GC含量49.71%,通过de novo组装并去冗余,获得190 889个Unigenes,N50为541 bp。与九大功能数据库比对和分析,共有89 555条约46.91%的Unigenes获得信息注释,其中3 288条基因在9个数据库中均能注释。在GO功能注释分为3大类,分别为20、26、22亚类(共68个亚类);在KEGG数据库中共发现216条代谢通路;KOG中按功能分为25个子类,获得49 976个功能注释信息。共检测到55类、24 917个植物转录因子;根据组装结果,共检测到44 584个SNP位点,7 386个InDel。结论:肇实转录组数据量大,遗传信息丰富,本研究可为深入解析肇实遗传背景、开展其功能基因组分析、分子标记开发、代谢组学研究提供参考,为肇实的综合利用与保护打下基础。