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大口黑鲈两个亚种EST数据库分析

文献类型： 中文期刊

作者： 景燕娟 1 ; 白俊杰 1 ; 李胜杰 1 ; 于凌云 1 ; 蔡磊 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室

关键词： 大口黑鲈;北方亚种;佛罗里达亚种;罗氏454测序;表达序列标签

期刊名称： 上海海洋大学学报

ISSN： 1674-5566

年卷期： 2012 年 21 卷 06 期

页码： 945-950

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology(GO)信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。

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