文献类型： 中文期刊

作者： 应成琦 ¹ ; 蔡春尔 ¹ ; 尹顺吉 ¹ ; 徐韧 ² ; LIN Sen-Jie ³ ; 周志刚 ¹ ; 马家海 ¹ ; 何培民 ¹ ;

作者机构： 1.上海海洋大学

2.国家海洋局东海环境监测中心

3.Department

关键词： rbcL;长石莼(缘管浒苔);全长序列;基因步移

期刊名称： 海洋与湖沼

ISSN： 0029-814X

年卷期： 2010 年 41 卷 04 期

页码： 81-88

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 克隆分离了长石莼(缘管浒苔)光合作用第一关键酶Rubisco大亚基全长基因(rbcL)。首先应用PCR和RT-PCR方法扩增rbcL大片段DNA序列和大片段cDNA序列,结果表明,获得的2个克隆序列完全相同,该rbcL大片段基因不存在内含子。其次应用基因步移方法分别对rbcL基因的5′上游未知序列和3′下游未知序列进行扩增,在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了rbcL全长基因序列(NCBI登陆号:DQ813497)。序列全长2124bp,其中编码区序列长1425bp,为单外显子基因,编码474个氨基酸;5′非翻译区序列长225bp,转录起始位点为位于翻译起始密码子ATG上游第47个核苷酸G,在距离转录起始位点-9bp—-48bp的范围内有推测的类似原核生物的启动子序列(-10区:TAAAAT、-35区:TTGAAA);3′非翻译区序列长474bp,在距离转译终止密码子TAA下游54—98bp处有一段较长的回文序列,可形成一个22bp的茎结构。密码子偏好性分析结果表明,长石莼(缘管浒苔)rbcL基因偏向使用第三位核苷酸碱基为A和T的密码子。