文献类型： 中文期刊
作者： 曾晓芸 1 ; 杨宗英 2 ; 田辉伍 2 ; 汪登强 2 ;
作者机构： 1.西南大学生命科学学院
2.西南大学生命科学学院;中国水产科学院长江水产研究所,农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站
关键词： 高通量测序;碱基重复单元;微卫星序列;裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)
期刊名称： 淡水渔业
ISSN： 1000-6907
年卷期： 2015 年 01 期
页码： 3-7
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 利用Mi-Seq高通量测序法,分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)的基因组微卫星序列,观察其微卫星的组成及其特征。结果显示:在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中,两碱基重复所占比例最多(83.15%),其中又以AC/TG类型为主。AAT和ATC是三碱基重复单元出现频率最多的,比例分别为56.01%和13.46%,高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2.73%,AAAG、AAAT和AGAT三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中,只发现3种重复序列,并且重复次数仅在1~2次内。使用引物设计软件Primer Premier Version 5.0设计引物,选择合成50对,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,筛选出具有多态性的微卫星引物共23对。实验还对裸体异鳔鳅基因组微卫星各碱基重复单元的长度进行了分析,结果表明裸体异鳔鳅微卫星主要集中在12~20 bp的范围内,占比91.53%。分析认为,在趋同选择的压力下,重复序列有向较短序列进化的趋势。
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