文献类型： 中文期刊

作者： 田涛 ¹ ; 王伟继 ² ; 陈再忠 ¹ ; 胡玉龙 ² ; 王陌桑 ¹ ; 吕丁 ² ; 李之乡 ¹ ;

作者机构： 1.上海海洋大学水产与生命学院

2.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业可持续发展重点实验室

关键词： 大菱鲆;生长性状;单核苷酸多态性(SNP);关联分析

期刊名称： 中国海洋大学学报(自然科学版)

ISSN： 1672-5174

年卷期： 2016 年 46 卷 12 期

页码： 32-40

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)生长性状相关的候选单核苷酸多态(SNP)位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进行基因分型,并与体重、体长2个生长性状数据进行关联分析。对关联显著的位点,统计位点在家系群体中的多态性,并进行连锁不平衡分析和单倍型分析;根据显著位点所在基因序列信息,在NCBI数据库中进行比对分析,对匹配到的基因功能进行初步探讨。关联分析发现,有9个SNP位点与生长性状关联显著(P<0.05)。9个位点中,4个位点与体重关联显著(P<0.05),7个位点与体长关联显著(P<0.05),其中,SNP51和SNP111与体重和体长2个性状均关联显著(P<0.05)。SNP位点的多态性分析发现,观测杂合度在0.126~0.719之间(平均为0.387),期望杂合度在0.118~0.501之间(平均为0.338);9个位点的平均多态信息含量为0.267,属于中度多态性位点;哈迪温伯格平衡检验结果显示,9个位点中有5个位点偏离平衡。连锁不平衡和单倍型分析发现,标记间存在显著的连锁不平衡;单倍型CTTGT和CTTGA是2个主要的单倍型,单倍型频率分别为26.8%和25.9%。根据关联显著SNP位点所在的序列信息,在NCBI数据库比对分析后发现,COL11A1和Notch1基因可能是与大菱鲆生长性状相关的重要功能基因。本研究结果将推进大菱鲆生长相关分子标记的研究,为下一步基因定位和分子标记辅助育种提供更多的标记基础。