文献类型： 中文期刊
作者： 吕远大 1 ; 李坦 1 ; 石丽 2 ; 张晓林 1 ; 赵涵 1 ;
作者机构： 1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所
2.扬州大学生物科学与技术学院
关键词： 玉米H99自交系;高通量测序;电子PCR;多态性SSR
期刊名称： 作物学报
ISSN： 0496-3490
年卷期： 2014 年 40 卷 02 期
页码： 191-197
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 随着基因组测序技术和计算生物学的发展,利用生物信息学的方法大规模挖掘基因组特异分子标记已成为可能。玉米自交系H99具有较强的可再生能力,是玉米转基因研究的主要供体材料,但是目前对H99基因组信息了解甚少。本研究利用高通量Illumina测序技术,对H99全基因组进行重测序,利用生物信息学手段大规模挖掘并开发了4043个H99特异性的SSR分子标记。随后利用模拟PCR策略,对开发的SSR分子标记进行电子多态性筛选,针对B73×H99、Mo17×H99和B73×Mo17三个群体亲本组合共开发2699候选的特异多态性SSR分子标记。随机挑选20对SSR分子标记对群体亲本B73、H99和Mo17进行多态性筛选,进一步证实候选的多态性具有95%的准确率。此外,基于B73参考序列对开发的多态性SSR分子标记进行全基因组染色体定位及基因注释,揭示了候选多态性SSR分子标记在全基因组及基因内的分布特征。为玉米自交系H99开发了大量的分子标记资源,同时也为快速开发品种间多态性分子标记提供了一套高效可行的分析方法。
- 相关文献
[1]基于传统培养和高通量测序方法分析羊肉加工过程中的菌群多样性. 刘亚文,刘芳,孙芝兰,吴海虹,张新笑,诸永志. 2020
[2]基于高通量测序分析肺炎支原体感染姜曲海猪肺组织miRNA表达谱. 倪黎纲,赵旭庭,王宵燕,宋成义,吴信生,甘源. 2019
[3]3种植物源抗菌剂对青虾虾仁贮藏货架期及腐败菌多样性的影响. 吴海虹,刘芳,靳盼盼,孙芝兰,徐为民. 2019
[4]添加辣椒对酸鱼发酵进程和理化指标的影响. 夏秀东,单成俊,刘小莉,吴寒,王英,张丽霞,黄自苏,周剑忠. 2018
[5]草莓枯萎病病株与健株根际基质真菌群落组成分析. 唐冬兰,唐泉,蒋立奔,宋芹芹,曹荣祥. 2021
[6]养猪发酵床垫料不同时期碳氮和微生物群落结构变化研究. 宦海琳,顾洪如,张霞,潘孝青,杨杰,丁成龙,徐小明. 2018
[7]基于磁性纳米颗粒分选的土壤活性纤维素降解微生物富集研究. 荣楠,张建伟,包远远,何世颖,冯有智,林先贵. 2022
[8]基于高通量测序的黄羽肉鸡屠宰过程中菌群多样性分析. 肖亚培,王在天,孙芝兰,刘芳,王道营. 2024
[9]基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究. 贾新平,叶晓青,梁丽建,邓衍明,孙晓波,佘建明. 2014
[10]山羊副流感病毒3型感染MDBK细胞的转录组分析. 钟纯燕,李基棕,毛立,李文良,郝飞,孙敏,刘茂军,主性,嵇辛勤,肖芳,杨蕾蕾,张纹纹. 2019
[11]不同贮藏温度下斑点叉尾鮰鲜度及优势腐败菌群变化规律研究. 陶晓雅,杨振泉,张辉,高璐,饶胜其,尹永祺,方维明. 2016
[12]基于高通量测序技术分析麝香草酚处理禾谷镰孢菌后转录组学的变化. 高弢,史建荣. 2017
[13]基于高通量测序对不同清洗处理荠菜细菌群落结构分析. 聂梅梅,吴海虹,宗隽青,李大婧,张钟元,刘春泉,牛丽影,刘春菊. 2023
[14]不同连作年限栝楼根际土壤微生物群落多样性分析. 徐筋燕,何晓兰,邵明灿,万云龙,刁亚梅,杨中海,郭书巧. 2023
[15]感染肺炎支原体姜曲海猪肺组织差异表达circRNAs的筛选与分析. 倪黎纲,赵旭庭,王宵燕,徐盼,甘源,金文. 2021
[16]春季稻虾轮作系统微生物群落特征分析. 单金峰,王飞飞,王信海. 2023
[17]山羊副流感病毒3型感染MDBK细胞的miRNA表达谱变化分析. 李基棕,李文良,毛立,郝飞,杨蕾蕾,张纹纹,江杰元. 2017
[18]乙型脑炎病毒感染猪睾丸细胞的miRNA表达谱差异分析. 张元鹏,杨占娜,杨利,李兰,于晓明,杜露平,陈瑾,侯立婷,乔绪稳,侯继波,郑其升. 2019
[19]噻虫嗪对水稻内生真菌群落组成的影响. 崔凯,葛静,柴阳阳,杨丽璇,程江峰,余向阳. 2017
[20]稻虾模式下克氏原螯虾组织及其养殖环境菌群多样性. 王飞飞,王夏雯,金倩,张智慧,王信海. 2021
作者其他论文 更多>>
-
低氮处理对玉米早期发育胚乳中氨基酸水平和转录组的影响
作者：潘玉昕;赵涵;宁丽华
关键词：玉米;低氮胁迫;氨基酸及其氨基酸衍生物;转录组测序;氮代谢;氰基氨基酸代谢;转录因子
-
甜糯玉米籽粒不同发育时期基因表达谱和生理生化特性分析
作者：高志方;周玲;梁帅强;张体付;戴惠学;朱英;赵涵
关键词：甜糯玉米;籽粒发育;物质含量;糊化特征;转录组学;差异表达分析
-
玉米ZmZIM家族基因鉴定及其对氮素的响应特征
作者：孙扬名;张明亮;葛敏;邬奇;赵涵
关键词：玉米;ZIM转录因子;基因家族分析;氮响应
-
玉米叶片硝酸盐积累性状的全基因组关联分析
作者：邬奇;孙扬名;桑俊伟;周玲;赵涵
关键词：玉米;硝酸盐;全基因组关联分析;SNP;候选基因
-
半糯粳稻品种核心标记的筛选及DNA指纹图谱的构建
作者：赵春芳;赵庆勇;吕远大;陈涛;姚姝;赵凌;周丽慧;梁文化;朱镇;王才林;张亚东
关键词：水稻;半糯粳稻;DNA指纹图谱;分子标记
-
玉米氮状况相关生物标记物的筛选和应用
作者：石习;宁丽华;葛敏;邬奇;赵涵
关键词：玉米;生物标记物;氮素;穗位叶;总氮测定;广义线性模型
-
激发江苏种业强“芯”活力
作者：赵涵;袁娜
关键词：
