文献类型： 中文期刊
作者： 徐友阳 1 ; 王德勤 1 ; 李静宇 1 ; 梅瑜 1 ; 王继华 1 ; 蔡时可 1 ;
作者机构： 1.广州白云山和记黄埔中药有限公司;广东省道地南药资源保护与利用工程中心/广东省农作遗传改良重点实验室/广东省农业科学院作物研究所
关键词： 显齿蛇葡萄;转录组;Unigene;功能注释;SSR
期刊名称： 农业研究与应用
ISSN： 2095-0764
年卷期： 2022 年 35 卷 005 期
页码： 15-23
摘要： 本研究通过高通量转录组测序和生物信息学分析获得显齿蛇葡萄的转录表达数据,提取显齿蛇葡萄叶片和茎的总RNA(Ribonucleic Acid,核糖核酸)、建库、测序、组装,注释和比对等生物信息分析技术得到显齿蛇葡萄转录组的遗传信息.共检测到23,208,741个高质量的Reads,对数据进行Denovo组装后,获得43,603个Unigene,其中Unigene的N50长度为1580 bp,平均长度为1000.2bp.在KOG、GO、KEGG、NR、SwissProt数据库中进行比对,得到注释的有25714个(58.97%)Unigene.其中25,801个Unigene在Nr数据库中得到注释,15,934个Unigene在KEGG数据库中得到注释,涉及135条代谢通路.在显齿蛇葡萄中我们共鉴定到75个Unigene涉及黄酮类生物合成,其中参与黄酮和黄酮醇生物合成的Unigene有4个,参与异黄酮生物合成的U-nigene 有 13 个.同时还检测到 922 个转录因子(Transcription factors,TFs).采用 MISA(Mi-crosatellite identification tool)对组装的 1000 bp 以上的 unigene 分析发现,4771 个 Unigene 包含5869个简单重复序列(Simple sequence repeats,SSRs),并使用Primer 3.0设计引物.利用高通量测序和生物信息学分析获得了显齿蛇葡萄的转录组信息特征,转录组数据为显齿蛇葡萄的重要功能基因鉴定,次生代谢通的挖掘奠定了研究基础.
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