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梨星毛虫幼虫转录组及SSR位点分析

文献类型： 中文期刊

作者： 寇桂香 1 ; 来有鹏 2 ; 陈帅 1 ; 都成杰 1 ; 周渊涛 1 ;

作者机构： 1.青海大学农牧学院

2.青海省农林科学院植物保护研究所

关键词： 梨星毛虫;转录组分析;微卫星;分子标记

期刊名称： 安徽农业大学学报

ISSN： 1672-352X

年卷期： 2024 年 51 卷 006 期

页码： 1051-1058

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了探讨SSR位点分布特征，进而为开发、丰富新型EST-SSR分子标记奠定基础，采用Illumina HiSeqTM2000通量测序平台对梨星毛虫幼虫进行转录组测序，在此基础上筛选其微卫星位点并分析分布特征。结果显示，梨星毛虫幼虫转录组测序共获得52671条转录本，21432条unigenes,COG、GO注释和KEGG通路数据库中unigenes注释占主导地位的分别是一般功能预测、细胞进程、运输和分解代谢。8 288个微卫星位点分布于5 832条unigenes中，SSR重复类型主要为单核苷酸和二核苷酸重复，单核苷酸重复中最主要的基元类型是（A/T）n，占总SSR位点77.94%,(AC/GT)n为二核苷酸重复的优势基元，占总SSR位点数的2.38%，且每个母本（maternal blood）序列中SSR数目随着碱基重复类型的增加而减小，成反比出现。分析各类型的转录芯片数量占比，SSR二核苷酸重复类型的4个基序的转录芯片数量占比最大（48.03%），其中AT/AT的数量最大（228条）。研究结果实现了基于转录组数据成功筛选出梨星毛虫幼虫微卫星位点，为梨星毛虫的遗传多样性分析、基因挖掘等提供研究基础。

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