文献类型： 中文期刊
作者： 马凤娇 1 ; 王慧 1 ; 任泷 2 ; 刘凯 1 ;
作者机构： 1.南京农业大学无锡渔业学院
2.中国水产科学研究院淡水渔业研究中心
关键词： 淡水定居型;刀鲚;无间隙基因组;基因注释;共线性分析
期刊名称： 中国水产科学
ISSN： 1005-8737
年卷期： 2025 年 32 卷 006 期
页码： 753-765
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 淡水定居型刀鲚(Coilia nasus taihuensis)又称为湖鲚,终生生活在淡水湖泊中,不需要进行江海洄游也能完成整个生活史过程.栖息生境的差异及长期的地理分割,使得湖鲚与洄游型刀鲚(Coilia nasus)选择了不同的环境适应性进化机制.由于目前缺乏湖鲚的基因组信息,与其环境适应相关的遗传机制缺乏系统研究.本研究以太湖的定居型个体为实验对象,通过Pacific Biosciences(PacBio)high-fidelity(HiFi)测序数据组装得到高质量基因组骨架,利用Hi-C测序数据实现基因组染色体水平的组装,结合Nanopore测序数据进行基因组补洞,最终获得完整的、无间隙的湖鲚参考基因组.湖鲚基因组大小约为834.09 Mb,contig N50高达35.45 Mb,挂载到24条染色体上,挂载率为 99.83%.基因组组装质量评估显示,BUSCO(Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs)评估值为 91.90%,表明基因组组装完整性较高.基因组注释特征显示,基因组重复序列总长度为382.39 Mb,占基因组的45.85%,基因结构注释共鉴定21730个蛋白编码基因,其中21666个基因(99.71%)被功能注释.基因组共线性结果显示,刀鲚和湖鲚之间具有极高的基因组共线性比率(96.95%),共鉴定到48852个共线性区块,表明两者之间遗传关系密切.本研究为后续刀鲚适应性机制研究提供素材,为深入开展湖鲚群体遗传学研究提供重要的基因组资源.
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