文献类型： 中文期刊
作者： 宁丽华 1 ; 王建晖 1 ; 时丕彪 1 ; 伍楚善 1 ; 董志诚 1 ; 赵涵 1 ;
作者机构： 1.江苏省农业生物学重点实验室江苏省农业科学院种质资源与农业生物技术研究所
关键词： Opaque2;转录因子;DAP-Seq;转录因子结合位点;调控网络
期刊名称： 科学通报
ISSN： 0023-074X
年卷期： 2019 年 024 期
页码： 2537-2548
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： Opaque2(O2)是一个调控玉米胚乳发育的重要转录因子.为了揭示O2的转录调控网络,利用DAP-Seq技术挖掘其在全基因组范围上结合位点共检测到11385个位点.通过结合已报道RNA-Seq数据,本研究DAP-Seq共检测到317个O2直接结合并调控的靶基因,其中包括97个已报道ChIP-Seq检测靶基因以及220个DAP-Seq特异检测的靶基因.而基序(motif)富集分析显示, DAP-Seq检测O2结合317靶标基因与220个特异结合靶标基因所富集的基序均与已报道O2结合motif相同.另外, GO富集分析显示,与ChIP-Seq一致的O2靶基因主要参与zein蛋白合成及氨基酸代谢途径,而特异检测的O2靶标基因,除参与上述途径外,还主要参与糖代谢途径以及多个胁迫响应相关途径.本研究利用DAP-Seq技术进一步揭示了O2在胚乳发育过程发挥调控作用,该结果是对前人研究结果的验证和补充.
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