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基于SSR和InDel标记的海南荔枝种质资源遗传多样性分析

文献类型: 中文期刊

作者: 李焕苓 1 ; 田婉莹 2 ; 孙进华 2 ; 张新春 2 ; 张蕾 2 ; 王果 2 ; 王树军 2 ; 王家保 3 ;

作者机构: 1.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所

2.;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所

3.;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所;

关键词: 荔枝;SSR;InDel;遗传多样性

期刊名称: 分子植物育种

ISSN: 1672-416X

年卷期: 2018 年 04 期

页码: 1343-1356

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 为了解232份主要来自海南的栽培荔枝、半野生荔枝和野生荔枝的遗传多样性及其演化地位,摸清荔枝品种中存在的同名异物和同物异名问题;本研究依据获得的荔枝EST序列和基因组序列开发了一批SSR和InDel标记,利用这些标记对232份荔枝种质资源进行了遗传多样性研究;取6个荔枝品种DNA为模板,筛选出18对SSR引物和12对InDel引物应用于遗传多样性研究,检测到基因位点141个,等位基因变异数范围为2~11个,平均4.70个,多态性位点为139个,多态性位点比率是98.58%。UPGMA聚类分析发现,232份荔枝种质资源的遗传相似系数是0.66~1.00;发现SSR引物的多态性大于InDel引物;在遗传相似系数为0.76处,供试材料分为15类,多数来自海南的荔枝资源能一起聚类,海南11份野生荔枝资源分别聚类在5个类群中,说明海南野生荔枝资源的遗传多样性较丰富。研究将为进一步开展荔枝遗传改良和育种提供依据。

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