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利用芥菜转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李永平 1 ; 张双照 1 ; 薛珠政 1 ; 温庆放 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院作物研究所蔬菜研究中心

关键词： 芥菜;转录组;SSR;多态性

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2020 年 002 期

页码： 169-177

收录情况： CSCD

摘要： [目的]为开发高效的芥菜Brassicajuncea.分子标记.[方法]本研究通过对芥菜转录组测序的信息搜索SSR位点并分析其分布特点,应用Primer 3.0软件设计SSR引物,随机选择50对引物扩增44份芥菜种质,检测其多态性.[结果]芥菜转录组测序共获得55 636条unigene,全部序列有48 193 376 bp;有7 834条unigene包含SSR的序列,从中鉴定出9 526个SSR位点,其中有1 371条序列包含1个以上SSR,复合SSR有572个,SSR发生频率为14.08%.优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的51.12%和41.91%.二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的34.74%,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主,占总位点的18.30%.共设计出21 282对SSR引物,随机选择50对引物进行PCR扩增,其中41对扩增出清晰可重复的预期条带,17对(占34%)在44份芥菜种质中表现出多态性.应用UPGMA得到将44份供试材料分为4大类聚类图,可准确地体现了芥菜种质材料的关系.[结论]根据芥菜转录组数据能开发出类型丰富、效率较高的SSR标记,为芥菜亲缘关系分析和遗传图谱构建等提供更可靠的标记.

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