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基于高通量测序的长蛸不同组织转录组比较分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王宇 1 ; 侯纯强 1 ; 栾凯 1 ; 汪笑宇 1 ; 郑德斌 1 ;

作者机构： 1.天津渤海水产研究所

关键词： 长蛸;无参转录组;不同组织

期刊名称： 海洋湖沼通报

ISSN： 1003-6482

年卷期： 2019 年 003 期

页码： 125-134

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为满足标记辅助育种的要求,利用高通量PE150测序技术首次开展了长蛸五个不同组织的转录组测序,并用Newbler等软件进行转录本的组装以及转录本的功能注释.结果表明:共获得了共获得268227814条reads,总碱基数为273451253bp,共得到个基因,平均基因长度为795bp,N50为1236bp,最大基因长度为18893bp,最小的基因长度为201bp,结果有82295条unigene注释到GO,32725个unigene注释到KEGG数据库,52035个unigene注释到SwissProt数据库,共鉴定出57685个具有完整的ORF的全长cDNA序列.鉴定出136009个微卫星和138417个SNP位点,这为深入开展长蛸分子标记辅助的遗传育种、种群遗传学和资源评估等研究提供了丰富的标记资源.

  • 相关文献

[1]长蛸Octopus variabilis自然群体生化遗传学研究. 高强,郑小东,孔令锋,王昭萍,王如才. 2009

[2]长蛸oct-GnRH基因的cDNA克隆及组织表达分析. 朱之发,边力,王亚美,陈四清,杨珍珍,李凤辉. 2020

[3]长蛸脑显微结构及视腺的超微结构. 朱之发,边力,陈四清,王亚美,张鹏飞,李凤辉,张盛农,葛建龙,常青,刘长琳. 2021

[4]温度、疾病感染对史氏鲟血清和各组织中溶菌酶水平的影响. 华育平,刘红柏,张颖. 2005

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