文献类型： 中文期刊

作者： 雷骆 ¹ ; 祝骏贤 ² ; 陈辰 ² ; 王亚坤 ² ; 刘晓莉 ² ; 洪孝友 ² ; 于凌云 ² ; 魏成清 ² ; 李伟 ² ; 朱新平 ¹ ;

作者机构： 1.南京农业大学无锡渔业学院

2.中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室

关键词： 中华鳖;转录组;SSR;SNP;性别相关标记

期刊名称： 广东海洋大学学报

ISSN： 1673-9159

年卷期： 2023 年 001 期

页码： 25-32

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】挖掘更多中华鳖（Pelodiscus sinensis）性别分子标记，为中华鳖保护、繁育以及遗传多样性的分子机制等研究提供基础。【方法】基于中华鳖转录组测序数据，利用MISA和GATK挖掘中华鳖转录本中SSR和SNP位点信息，开发与中华鳖性别紧密相关的SNP标记。【结果和结论】共组装获得341 632条Unigenes，识别到14 804个SSR位点，含有SSR位点的Unigenes序列数量为13 904条，占总序列的4.1%。中华鳖转录组中SSR位点类型较为丰富，共识别到6种不同核苷酸重复类型，单核苷酸串联重复基元类型的含量最多（10 981个），占总位点数的74.18%。SSR位点以重复11～15次为主（6 173个），占总位点数的41.70%。转录组SSR的片段长度大部分集中在10～14 bp，占SSR总数的50.01%。搜索到32 299个SNP位点，SNP的分布密度为1/1 339 bp。SNP变异类型以转换类型为主，转换类型占70.05%，颠换类型占29.95%。SNP测序深度统计发现，在31～100范围内，SNP数目最多，占43.68%。初步筛选并鉴定出位于Ptpn11基因上与性别紧密关联的SNP位点（29 144 910），为中华鳖性别分子标记提供候选基因和标记。