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牙鲆EST资源的SSR信息分析

文献类型: 中文期刊

作者: 陈松波 1 ; 龚丽 1 ; 刘海金 2 ;

作者机构: 1.东北农业大学动物科学技术学院

2.中国水产科学研究院

关键词: 牙鲆;EST;SSR信息;EST-SSR;重复基元

期刊名称: 东北农业大学学报

ISSN: 1005-9369

年卷期: 2010 年 41 卷 10 期

页码: 88-92

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 应用生物信息学方法,对牙鲆EST-SSRs的分布频率及碱基重复特点进行了归纳与分析。结果表明,5 927条牙鲆非冗余EST序列通过在线搜索共检索出471个SSRs,分布于390条EST中,出现频率为7.95%,平均分布距离为7.9 kb。包括了112种重复基元,其中二核苷酸重复基元占主导地位,占总SSR的59.02%。AC是二核苷酸中的优势基元,占二核苷酸重复类型的16.91%。三核苷酸重复基元、四核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元分布比较分散,三核苷酸重复基元中GAG数量最多,但仅占三核苷酸重复类型的7.26%。研究结果为牙鲆EST-SSR标记的开发及应用奠定了理论基础。

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