文献类型： 中文期刊

作者： 孙玲伟 ¹ ; 高骏 ¹ ; 陆雪林 ² ; 章伟建 ² ; 刘炜 ² ; 胡杰 ³ ; 张德福 ¹ ; 戴建军 ¹ ;

作者机构： 1.上海市农业科学院畜牧兽医研究所

2.上海市动物疫病预防控制中心

3.上海老杜企业发展(集团)有限公司

关键词： 上海水牛;简化基因组测序;长纯合片段;近交系数

期刊名称： 上海畜牧兽医通讯

ISSN： 1000-7725

年卷期： 2024 年 003 期

页码： 8-13,18

摘要： 为提高上海水牛的育种效率和遗传种质资源丰富度，采用基因测序分型（genotyping by sequencing,GBS）技术对8 0头上海水牛进行基因组测序，质控后获得高质量的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP），进行群体亲缘关系以及近交系数分析。结果显示：从80头上海水牛的24条常染色体和1条性染色体上共检出的99 963个高质量SNP位点、874个连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）;80头上海水牛分为2个大支（家系），A1和A2属于第一大支（家系A），包含9头公水牛、18头母水牛；B1、B2和B3属于第二大支（家系B），包含16头公水牛、37头母水牛。基于ROH测算近交系数的结果显示：25头公水牛和55头母水牛的平均近交系数分别为0.014 5和0.011 4。本研究构建了上海水牛家系，揭示了上海水牛的近交状态，为上海水牛繁育工作提供了科学依据。