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克隆文库分析红树林土壤中放线菌的多样性

文献类型: 中文期刊

作者: 谢晴宜 1 ; 屈直 1 ; 马海霞 1 ; 洪葵 1 ;

作者机构: 1.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词: 红树林土壤;克隆文库;放线菌;多样性.

期刊名称: 热带作物学报

ISSN: 1000-2561

年卷期: 2012 年 33 卷 08 期

页码: 1466-1470

收录情况: CSCD

摘要: 直接提取8个红树林土壤的总DNA,用放线菌门的特异性PCR引物进行扩增,通过构建16S rRNA文库,测序及系统发育分析,获取新颖放线菌菌株。结果发现,有酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)(30.2%)、放线菌亚纲(Actinobacteridae)(68.0%)、红蝽菌亚纲(Coriobacteridae)(1.1%)和去腈基菌亚纲(Nitriliruptoridae)(0.7%)成员,没有红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)成员。仙农指数和Chao1物种多样性指数(Schao1)表明,红树林土壤样品中含有丰富的放线菌多样性。以16S rDNA基因的相似率≥97%作为临界点,45.1%可能代表新候选种(candidate species)(未培养、分离)。本研究为进一步获取新颖的红树林放线菌资源提供了基础。

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