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玉米同义密码子使用偏性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 于金海 1 ;

作者机构： 1.黑龙江省农业科学院作物育种研究所

关键词： 玉米;同义密码子使用偏性;最优密码子;GC含量

期刊名称： 黑龙江农业科学

ISSN： 1002-2767

年卷期： 2010 年 07 期

页码： 1-4

收录情况： CSCD

摘要： 利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析。结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是第3位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(相关系数分别为r=0.780 7、0.822 3、0.731 4和0.986 3),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.681 5)。表明基因GC含量直接影响玉米密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。27个最优密码子的首次确定将对玉米转基因具有重要指导意义。

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