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黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)的全基因组测序和基因组特征研究

文献类型： 中文期刊

作者： 区又君 1 ; 温久福 1 ; 李加儿 1 ; 梁洪海 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院南海水产研究所农业部南海渔业资源开发利用重点实验室

关键词： 黄唇鱼;全基因组;测序;濒危鱼类

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2020 年 002 期

页码： 491-498

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)为国家二级重点保护野生动物、IUCN (世界自然保护联盟)红色名录的极度濒危物种(CR).基于其样本数量极其有限,全基因组研究可以提供大量与重要性状相关的功能基因和分子标记,从而揭示其重要生命现象的遗传机制.采用二代测序技术于2018年5月完成了黄唇鱼基因组精细图的测序,分析结果表明,测序得到约202 Gb的高质量数据,总测序深度约为317*;组装得到的基因组大小为637.43 Mb,Contig N50约为88 Kb,Scaffold N50约为4.65 Mb;重复序列约142.72 Mb,占比22.39%,预测得到23 743个基因、920个t RNA、85个rRNA、176个假基因;98.46%的基因可以注释到NR、GO等数据库中;有67个基因家族是黄唇鱼所特有的.本研究从单碱基错误率、核心基因完整性及二代Reads比对分析3个方面对黄唇鱼基因组精细图的组装结果进行了评估,结果显示所组装的基因区的完整性较好.黄唇鱼基因组序列图谱的绘制完成,对于黄唇鱼自然资源的保护和种质资源挖掘具有极其重要的科学意义.

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