文献类型： 中文期刊

作者： 赵晓珍 ¹ ; 齐勇 ¹ ; 王红林 ¹ ; 马玉华 ¹ ; 郑乾明 ¹ ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院果树科学研究所

关键词： 新暗色柱节孢;火龙果溃疡病;全基因组;编码基因;功能注释

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2023 年 36 卷 007 期

页码： 1406-1414

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]测序并组装火龙果溃疡病病原菌新暗色柱节孢(Neoscytalidium dimidiatum)H1的基因组序列,为了解其基因组构成、遗传变异、致病机理和制定防控策略奠定基础.[方法]提取贵州火龙果溃疡病病原菌N.dimidiatum H1的基因组DNA,利用Illumina NovaSeq和Nanopore PromethION测序平台进行基因组测序、组装和注释分析.[结果]通过测序和组装获得N.dimidiatum H1的基因组规模为43.78 Mb,Gap数量为0;组装获得14个contig,N50长度为3.92 Mb,平均长度为3.13 Mb,最长长度为5.63 Mb.使用真核和真菌直系同源基因集进行BUSCO评估,完整的单拷贝基因比例分别为98.60%和98.50%.N.dimidiatum H1的基因组含有12 962个编码基因和205个非编码RNA.N.dimidiatum H1的基因组中重复序列含量为1.62%,简单重复为主要类型.转座子含量为1.59%,以LTR类Gypsy亚族和LINE类为主要类型.共计12 703个(98.00%)编码基因被注释,与同属于葡萄座腔菌科(Botryosphaeriaceae)的 Macrophomina phaseolina MS6 和 Neofusicoccum parvum UCR-NP2 具有较高同源性.[结论]利用Nanopore和Illumina测序策略获得高质量N.dimidiatum H1的基因组序列,为进一步研究其致病机理和防控策略奠定理论基础.