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黄颡鱼cGnRH基因的筛选鉴定及生物信息学分析

文献类型: 中文期刊

作者: 王乐 1 ; 卢建国 1 ; 王平平 1 ; 栾培贤 1 ; 王秋实 1 ; 孙效文 1 ;

作者机构: 1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

关键词: 黄颡鱼;促性腺激素释放激素;序列分析

期刊名称: 水产学杂志

ISSN: 1005-3832

年卷期: 2016 年 29 卷 04 期

页码: 1-5

摘要: 本研究在前期已获得的黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco转录组基础上,利用BLAST程序从中筛选获得黄颡鱼c Gn RH基因的候选序列,再通过氨基酸序列分析从中筛选获得c Gn RH的全长c DNA为261bp,编码86个氨基酸,其核心十肽的序列为QHWSHGWYPG,相对分子质量为9 755.5、理论PI值为9.02。序列同源比对发现:黄颡鱼与斑马鱼Danio rerio、草鱼Ctenopharyngodon idella、鲤Cyprinus carpio中c Gn RH氨基酸的相似性分别高达70.93%、68.60%和67.44%。用MEGA构建的黄颡鱼与其他27种硬骨鱼c Gn RH的Neighbour-joining进化树发现,黄颡鱼c Gn RH先与脂鲤科的墨西哥丽脂鲤Astyanax mexican共聚类,再依次与鲤科的斑马鱼、草鱼、黑头呆鱼Pimephales promelas、稀有鮈鲫Gobiocypris rarus等鱼的c Gn RH序列聚类。本研究首次筛选获得黄颡鱼的c Gn RH序列,并利用生物信息学软件进行鉴定分析,为后续的基因表达和c Gn RH调节生长生殖作用的研究提供序列资源及基础。

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