文献类型： 中文期刊

作者： 谢丽雪 ¹ ; 张小艳 ¹ ; 张立杰 ¹ ; 郑姗 ¹ ; 李韬 ¹ ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

关键词： 西番莲;东亚西番莲病毒;全基因组;TC-RT-PCR检测

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2022 年 55 卷 022 期

页码： 4408-4418

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)是西番莲(百香果)上危害严重的一种病毒.本研究对我国大陆地区东亚西番莲病毒福建分离物(EAPV-FJ)的全基因组序列进行测定,明确其基因组序列特征,并建立适用于EAPV特异性检测的TC-RT-PCR(tube capture RT-PCR)技术,旨在为该病毒的检测、监测及防治提供理论依据和技术支持.[方法]采用小RNA深度测序技术结合分段克隆方法和RACE技术,测定EAPV-FJ的全基因组序列,对获得的序列进行序列特征、系统发育关系和重组分析;通过反应条件及反应体系优化,建立用于EAPV快速检测的TC-RT-PCR技术,测定其特异性和灵敏度,并应用建立的TC-RT-PCR技术对福建省西番莲果园采集的样品进行检测,同时利用普通RT-PCR检测方法进行验证.[结果]测序获得的EAPV-FJ核苷酸序列全长为10065 nt(不含polyA尾),含有一个长度为9663 nt的开放阅读框,编码3220 aa的多聚蛋白(polyprotein),经剪切后最终生成P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、VPg、NIa、NIb和CP 10个蛋白.基因组序列一致性分析结果表明,EAPV-FJ全基因组与GenBank登录的4个EAPV代表分离物核苷酸序列一致性为80%—99%,其中与AO株系的越南分离物EAPV-GL1(GenBank登录号:MT450870)一致性最高,为99%;EAPV-FJ多聚蛋白核苷酸、氨基酸序列与GenBank登录的4个EAPV代表分离物一致性分别为79%—99%、82%—98%.基于多聚蛋白核苷酸序列的系统发育关系分析显示,EAPV分离物共分为两个类群(Group I为AO株系、GroupⅡ为IB株系),未表现出明显的地理相关性,其中EAPV-FJ属于Group I,与已报道的越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近.重组分析结果表明,EAPV-FJ为非重组分离物.建立的TC-RT-PCR检测技术具有较好的特异性和灵敏度,仅能检测到感染EAPV的西番莲样品,而黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、西番莲潜隐病毒(Passiflora latent virus,PLV)、木槿潜隐皮尔斯堡病毒(hibiscus latent Fort Pierce virus,HLFPV)、芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus,TuMV)、大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)、夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV)等其他病毒及健康样品均无法检测到;灵敏度最低可以检测到稀释10倍的EAPV西番莲病叶提取液原液,与普通RT-PCR检测方法的灵敏度相当.应用建立的TC-RT-PCR技术从福建省西番莲果园采集的60份疑似病样中检出EAPV共13份,该结果与普通RT-PCR检测结果一致.[结论]首次报道了我国大陆地区EAPV全基因组序列,该分离物(EAPV-FJ)基因组结构与已报道的其他分离物一致,在系统发育关系上与越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近,且未检测到重组位点;建立的TC-RT-PCR检测技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高和成本低的优点,能有效用于西番莲果园样品上EAPV的实际检测.