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橡胶HMGR蛋白的生物信息学分析与同源模建

文献类型： 中文期刊

作者： 吴春太 1 ; 李维国 1 ; 高新生 1 ; 张晓飞 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所/国家橡胶树育种中心

关键词： 橡胶;HMGR蛋白;生物信息学;同源模建

期刊名称： 热带农业科学

ISSN： 1009-2196

年卷期： 2009 年 29 卷 10 期

页码： 17-21+37

摘要： 利用生物信息学方法分析了橡胶HMGR蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同荔枝、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测。结果表明:该蛋白共有575个氨基酸,等电点为6.44,二级结构中α螺旋占45.91%,β折叠片占13.04%,无规卷曲占35.83%。三维结构检测表明,此模型的结构符合立体化学规则。此外,利用该模型预测了配体SIM和ADP在HMGR结构空间的近似位置,并定位了与SIM和ADP作用的相关残基。

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