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珠江河口水体环境DNA提取方法的建立及优化

文献类型: 中文期刊

作者: 李红婷 1 ; 张帅 1 ; 邹柯姝 2 ; 陈作志 1 ; 陈晓雷 1 ; 蒋佩文 1 ; 曹漪婷 1 ; 李敏 1 ;

作者机构: 1.中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室/广东省渔业生态环境重点实验室

2.华南农业大学海洋学院

关键词: 珠江河口;eDNA获取;eDNA保存;eDNA提取

期刊名称: 南方水产科学

ISSN: 2095-0780

年卷期: 2022 年 003 期

页码: 30-37

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 近年来,环境DNA (eDNA)技术广泛应用于水生生物多样性研究。以珠江河口咸淡水生态系统为研究区域,采用滤膜法富集eDNA,选取直径47 mm、孔径0.45μm的硝酸纤维膜、醋酸纤维膜、玻璃纤维膜和聚碳酸酯膜共4种材质的滤膜,采用4种滤膜保存方法,结合2种试剂盒提取eDNA,评估不同组合方案对eDNA提取效果的影响。结果显示,滤膜材质和保存方法对eDNA产量具有显著影响;其中,醋酸纤维膜获取的eDNA浓度最高。在DNA提取物质量相当的情况下,海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取的eDNA浓度高于DNeasy Blood and Tissue kit试剂盒。在不同保存条件下,“液氮”保存法获取的eDNA浓度最高。在不具备冷冻条件时,可添加乙醇,常温保存滤膜。采样后立即过滤水样能够有效防止eDNA降解。文章建立了珠江口咸淡水生态系统水样eDNA的获取、保存和提取方案,可为相似水域的eDNA研究提供参考。

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