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甘薯近缘野生种Ipomoea Littoralis全基因组Survey分析

文献类型： 中文期刊

作者： 霍恺森 1 ; 曹清河 2 ; 王珧 1 ; 陈艳丽 1 ; 朱国鹏 1 ;

作者机构： 1.海南大学园艺学院

2.江苏俆淮地区徐州农业科学研究所

关键词： 甘薯;基因组调查;Ipomoea littoralis;种质资源

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2019 年 010 期

页码： 2001-2005

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： Ipomoea littoralis是甘薯的近缘野生种之一,对其全基因组的研究可为甘薯种质资源的创新提供参考,同时为全基因组精细图谱的绘制打下基础.本研究通过二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2500),测序深度约为60*,经过滤后得到22.45 G数据,结合生物信息学手段估算基因组大小、杂合率、重复序列和GC含量等基因组特征.预估基因组大小经修正后为676.27 Mb.K-mer分析结果得出I. littoralis基因组中重复序列所占比率为60.98%,杂合率为0.81%;初步组装结果,contigs N50为0.684 kb,总读长为0.538 Gb,scaffolds N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb;GC平均深度及含量分布出现分层现象.本研究首次报道I. littoralis的基因组特征信息,为进一步全基因组深度测序提供参考.

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