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黄灯笼辣椒多聚半乳糖醛酸酶基因CCaPG的生物信息学和表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 申龙斌 1 ; 刘子记 1 ; 曹振木 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所农业部华南作物基因资源与种质创制重点开放实验室

关键词： 黄灯笼辣椒;多聚半乳糖醛酸酶;基因克隆

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 09 期

页码： 1987-1992

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究根据Gene Bank已发表的辣椒基因组序列信息,设计引物,利用RT-PCR法从海南黄灯笼辣椒中克隆了多聚半乳糖醛酸酶基因(PG),并命名为CCa PG基因。生物信息学及表达分析结果表明,该基因CDS区全长1 107 bp,编码368个氨基酸,推测为稳定的亲水蛋白,在N端由一条长约25 aa的信号肽;CCa PG蛋白二级结构预测显示,α-螺旋占18.75%,延伸链占37.23%,无规则卷曲占36.41%,β-转角占7.61%。系统进化树分析结果显示,CCa PG与一年生辣椒的亲缘关系最近,达98.37%,其次为美花烟草76.16%。表达量分析发现,CCa PG基因在果实变色期表达量最高,其次为幼果期,最低为绿熟期。本结果可为研究该基因的生物学功能和黄灯笼辣椒果实软化的调控机制奠定理论基础。

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