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基于RNA-seq数据的小麦条锈菌SSR标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 刘秀峰 1 ; 许静杨 2 ; 袁文娅 2 ; 梁丹 2 ; 时晓伟 3 ;

作者机构： 1.天津市农作物研究所;天津市植物保护研究所

2.;天津市农作物研究所;天津市植物保护研究所

3.;天津市农作物研究所;天津市植物保护研究所;

关键词： 小麦条锈菌;转录组;SSR;遗传多样性

期刊名称： 河南农业科学

ISSN： 1004-3268

年卷期： 2018 年 01 期

页码： 54-58

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发小麦条锈菌基因组编码区内多态性高的SSR标记,应用MISA软件从4个小麦条锈菌分离物转录组测序数据中搜索SSR位点并设计相应引物。结果表明,在小麦条锈菌转录组2 941条unigenes中发现6 083个SSR位点,SSR发生频率为14.13%,平均每9.84 kb出现1个SSR位点。获得的SSR有144种重复基序,单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的42.33%和39.90%。T和AAC、ATC、CAT分别是单核苷酸和三核苷酸的优势重复基序。转录组中SSR重复次数以5~12次为主,基序长度主要集中在12~20 bp。随机合成100对SSR引物对3个小麦条锈菌分离物基因组DNA进行PCR扩增,有87对引物可以扩增出条带。总之,这些基于转录组发掘的SSR位点出现频率高、类型丰富,在小麦条锈菌群体遗传结构研究、分子标记开发等方面具有一定的应用潜力。

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