文献类型： 中文期刊

作者： 张丽君 ¹ ; 刘龙龙 ¹ ; 乔治军 ¹ ; 马名川 ¹ ; 周建萍 ¹ ; 范银燕 ² ; 崔林 ¹ ;

作者机构： 1.山西省农业科学院农作物品种资源研究所农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室

2.山西省农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 燕麦;雄蕊;RNA-seq;生物信息学分析

期刊名称： 草地学报

ISSN： 1007-0435

年卷期： 2014 年 22 卷 02 期

页码： 140-146

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以重组自交构建的燕麦(Avena L.)近等基因系为研究对象,通过构建转录组测序文库并进行Illumina RNAseq双端测序及生物信息学分析,了解雄蕊生长发育过程,特别是花粉发育基因调控过程。共获得原始数据23.13Gb,有效数据20.61 Gb。通过de novo拼接,获得的unigene总长度约为95.95 Mb,均contig长度为716 nt,N50长度为1.07 kb。转录物注释结果显示,82992条转录物序列具有同源比对信息,COG和GO功能分类工具分别将已注释转录物序列划分为25个和56个功能类别。通过对2个材料间转录物序列及表达水平比较,初步确定在雄蕊形成过程中3643条序列表达量上调,50条序列表达量上调10倍以上;12312条序列表达量下调,2041条序列表达量下调10倍以上。