文献类型： 中文期刊
作者： 李文燕 1 ; 崔百元 1 ; 刘勤坚 1 ;
作者机构： 1.广东省农业科学院农业生物基因研究中心
关键词： 薏苡(Coix lacryma-jobi Linn.);全长转录组;功能注释;SSR;干旱胁迫
期刊名称： 分子植物育种
ISSN： 1672-416X
年卷期： 2020 年 015 期
页码： 4855-4870
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为了全面获得和发掘薏苡的基因数据、功能信息以及潜在的SSR标记,本研究采用PacBio SequelTM第三代测序平台对干旱胁迫下薏苡苗期叶片进行全长转录组测序与分析,获得总计98 858条非冗余的高质量Unigenes,其平均长度为2 318 bp,1 kb以上Unigenes占91.74%.利用BLAST等软件在NR、Swiss Prot、eggNOG、GO和KEGG等公共数据中注释了90 339个Unigenes,占91.50%.NR注释表明,在90 093个被注释的Unigenes中,与之匹配数量最多是来源于高粱的序列,其次是玉米和谷子,这与它们之间在进化上的亲缘关系相一致.GO注释显示,34 765个Unigenes被注释到生物过程、细胞组分和分子功能等三大类别;eggNOG注释的89 158条Unigenes分属于25个功能聚类;KEGG代谢通路分析表明,30 579个Unigenes被注释到133条已知代谢通路,其中,1 884条Unigenes涉及信号转导和环境适应途径,包括植物激素信号转导途径、MAPK信号途径和植物-病原互作信号途径,上述代谢通路或途径均与植物响应干旱等逆境胁迫相关.此外,利用MISA程序在38 878个Unigenes中检测到56 540个SSR位点.研究结果将为薏苡耐旱等抗逆基因发掘与克隆、抗逆分子生理机制解析以及分子标记开发提供科学依据和理论参考.
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