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应用RFLP和DGGE技术分析工厂化养殖凡纳滨对虾肠道微生物群落特征

文献类型: 中文期刊

作者: 李玉宏 1 ; 柴鹏程 2 ; 胡修贵 2 ; 孙艳 2 ; 黄倢 2 ; 宋晓玲 2 ;

作者机构: 1.上海海洋大学水产与生命学院

2.农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所

关键词: 凡纳滨对虾;肠道;微生物;工厂化养殖;PCR-RFLP;PCR-DGGE

期刊名称: 渔业科学进展

ISSN: 1000-7075

年卷期: 2014 年 35 卷 02 期

页码: 85-91

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性的覆盖率分析结果表明,所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为97.5%。10月样品中克隆子为8个,其中以不可培养细菌、芽孢杆菌属Bacillus spp.和弧菌属Vibrio spp.为主要优势菌属,其次为Photobacterium spp.和Neptunomonas spp.;所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为90.8%。应用DGGE分析8月和10月对虾肠道样品,菌群以不可培养细菌和弧菌属为主,其次为Streptomyces spp.、Ruegeria spp.、Enterococcus spp.和Photobacterium damselae。

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