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黏质沙雷氏菌3种几丁质酶基因的克隆及功能预测

文献类型： 中文期刊

作者： 钟万芳 1 ; 郭慧芳 1 ; 丁少军 2 ; 方继朝 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院植物保护研究所

2.南京林业大学

关键词： 黏质沙雷氏菌;几丁质酶;结构域;基因克隆;生物信息学

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2011 年 27 卷 05 期

页码： 1000-1006

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)可产生多种几丁质酶,为比较黏质沙雷氏菌Txch-1中几丁质酶系在结构上的差别,利用3对特异性引物从Txch-1中扩增获得了3种几丁质酶SeChiA、SeChiC、SeChi40基因,并进行生物信息学分析与比较。结果表明:SeChiA基因全长2 196 bp,含有1个1 692 bp的开放阅读框,编码563个氨基酸。SeChiA与Sanguibacter sp.C4几丁质酶(ABB91448)及多种沙雷氏菌属的几丁质酶A高度同源(≥94.8%),与多种昆虫几丁质酶也表现出较高的同源性(≥68.74%);结构域分析发现SeChiA含有分泌信号肽、N端结构域和催化域。SeChiC基因全长1 623 bp,含有1个1 443 bp的开放阅读框,编码480个氨基酸;SeChiC与S.marcescens不同菌株产生的几丁质酶C都表现出较高的同源性(≥95%);结构域分析发现SeChiC含有催化域、黏蛋白Ⅲ同源区及几丁质结合域。SeChi40基因全长1 501 bp,含有1个1 083 bp的开放阅读框,编码360个氨基酸;结构域分析发现它只含有催化域,而不含分泌信号肽和几丁质结合域。氨基酸序列比对发现SeChi40与其他几丁质酶的同源性较低(≤37.78%),可能是个新基因。

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