文献类型： 中文期刊

作者： 胡加谊 ¹ ; 陈哲 ² ; 胡福初 ² ; 罗志文 ² ; 年宇薇 ² ; 何凡 ² ; 张治礼 ³ ;

作者机构： 1.海南省农业科学院热带果树研究所农业部海口热带果树科学观测实验站;海南省热带果树生物学重点实验室

2.;海南省农业科学院热带果树研究所农业部海口热带果树科学观测实验站;海南省热带果树生物学重点实验室

3.;海南省农业科学院热带果树研究所农业部海口热带果树科学观测实验站;海南省热带果树生物学重点实验室;

关键词： 菠萝;MADS-box;生物信息学;序列特征;系统进化树

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2017 年 08 期

页码： 3042-3052

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： MADS-box转录因子是植物生长发育过程的重要调控因子。为了解菠萝MADS-box转录因子的序列特征和分类情况,本研究采用生物信息学方法,对菠萝全基因组的MADS-box进行序列分析,包括菠萝MADS-box转录因子的数量、外显子和内含子组成情况、编码蛋白的基本特性及系统进化树的分析。结果表明,菠萝基因组中有40个MADS-box转录因子,且基因结构分析表明8个菠萝MADS-box基因符合植物MADS-box基因的典型结构,具有6个内含子和7个外显子;27个菠萝MADS-box转录因子编码氨基酸在200~300个之间,其中最小的Ac MADS40仅有104个氨基酸组成,最大的Ac MADS08由436个氨基酸组成;40个MADS-box蛋白中有31个偏碱性,4个显酸性,5个呈中性;二级结构分析结果表明,6个MADS-box蛋白无规卷曲所占比例最高,Ac MADS02α-螺旋和无规卷曲都为25个,β-转角为5个;其余33个菠萝MADS-box蛋白均以α-螺旋所占比例最高;亚细胞定位预测结果表明,大多数MADS-box蛋白定位于细胞核,其他零星分布于其他细胞器;保守基序查找分析表明,包含基序1和基序2的MADS-box蛋白所占比率均在85%以上,说明基序1和基序2是菠萝MADS-box蛋白中的重要保守基序;系统进化树分析表明,属于Ⅰ型的菠萝MADS-box基因有14个,属于Ⅱ型的菠萝MADS-box基因有26个,且可细分为11个亚组,除了FLC和AGL15这两个亚组中没有菠萝MADS-box的成员,其他9个亚组均有菠萝MADS-box基因的分布。