文献类型： 中文期刊

作者： 吴超 ¹ ; 彭娟 ¹ ; 向林 ¹ ; 顾敏 ¹ ; 秦德辉 ¹ ; 丁晓瑜 ¹ ; 郭方其 ¹ ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院园艺研究所

关键词： 铁皮石斛转录组;生物信息学;功能注释;SSR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2016 年 14 卷 12 期

页码： 3334-3346

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000对铁皮石斛(Dendrobium officinale)转录组进行测序,共获得11 153 295 000 nt数据。对测序获得数据(reads)进行序列拼接组装,共获得121 596个单基因簇,序列平均长度为660 bp,整体序列信息达到了40.16 Mb。再应用生物信息学相关数据库进行比对,结果表明,本测定获得的52 345个Unigene能够在数据库中检索到相关功能注释。通过GO数据库比对,测序获得Unigene功能分类可分为3大类57个分支,其中有大量的Unigene与细胞、催化活性、细胞部分、细胞器等相关功能。通过COG数据库比对,测序获得Unigene功能注释到25类直系同源蛋白分类中如转录、复制,重组和修复、翻译,核糖体结构和生物起源等。以KEGG数据库作为参考,依测序获得Unigene可定位到128个代谢途径分支,如脂类代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢等。进一步利用软件查找SSR位点发现,从Unigene中共找到9 892个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT、CCG/CGG和AGG/CCT。