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肉鸽肠道微生物菌群差异分析和抗生素耐药基因预测

文献类型： 中文期刊

作者： 陶洁 1 ; 李本强 1 ; 程靖华 1 ; 石迎 1 ; 刘佩红 1 ; 刘惠莉 1 ;

作者机构： 1.上海市农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 肉鸽;宏基因组学;肠道菌群;抗生素耐药基因

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2023 年 012 期

页码： 5293-5300

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究旨在利用宏基因组学深入分析上海某鸽场青年鸽（RP）和产鸽（LP）粪便样品的微生物菌群差异。结果显示，肉鸽肠道菌群的优势菌门为厚壁菌（Firmicutes）、变形菌（Proteobacteria）和放线菌（Actinobacteria）。RP组中双歧杆菌（Bifidobacterium）、棒状杆菌（Corynebacteriun）、嗜冷杆菌（Psychrobacter）、链球菌属（Streptococcus）含量显著高于LP组，而LP组金黄色葡萄球菌属（Staphyloccus）、短状杆菌属（Brachybacterium）、库特氏菌属（Kurthia）和埃希氏菌属（Escherichia）含量显著高于RP组。LEfSe分析显示，LP和RP组的差异表达基因主要富集于5个KEGG通路。抗生素耐药基因（antibiotic resistance genes, ARGs）鉴定显示，肉鸽体内存在198种ARGs,其中多重耐药类ARGs流行率40%以上，说明该场肉鸽抗生素耐药情况较严重。本研究为后续深入研究肠道菌群与健康养殖、抗生素耐药机制等提供了科学数据。

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